在建工程在抵押以后，是否还可以将其价值的余额部分再次设定抵押?

可以的，走正常法律程序，只要评估的价值大于之前所贷的款额。

这一问题如果仅从理论上来分析，只要抵押人所担保的债权不超出其抵押物的价值，其余额部分应当是可以再次设定抵押。但是，在建工程不同于房屋。在工程建设中，施工单位垫付工程款的现象十分普遍。工程款虽说是债权，但是可以按《合同法》的规定优先受偿，即在建工程一般都存在所谓“法定抵押权”。从我国司法实践来看也是优先保护这类法定抵押权。因此，形成理论上有余额而实际不再存在。