我作于买方 ,签订了二手房房屋买卖合同,缴纳了二万定金 ,三万预付房款给房屋中介公司

关于房子所交的所有税费，你可以不考虑，关于您的预付款，您可以要求中介退回，如果不退，您可以起诉他，法院一定支持您，中介公司没有经过您同意，私自动用您的预付款去交税，是犯法的，要负法律责任的，您不用担心。

楼上回答正确

过户时所缴纳的费用都是你和卖方到过户大厅办理手续时一并办理的,中介是没有权利缴纳这些费用的,也许不想让你违约,所以拿主些做为一个借口,你可以让中介方出示缴纳税费的凭证,即使他通过不法手段缴纳了相关费用,你也不必担心,因为是不合法的办理手续,你本人根本都没有到场,身份证,房产证等相关手续都没出示,他就能办理这些事,完全不合乎国家的过户流程手续。