根据《房屋登记办法》的规定，合法建造房屋申请房屋所有权初始登记的，应当提交下列材料：（一）登记申请书；（二）申请人的*明；（三）宅基地使用权证明或者集体所有建设用地使用权证明；（四）申请登记房屋符合城乡规划的证明；（五）房屋测绘报告或者村民住房平面图；（六）其他必要材料。1、测绘费1元／m2； 2、登记费80元／宗
先去房管局问下你的自建房是否可以办理相关房产证，然后才问相关流程和费用。
自建房房产证办理费用是根据你所在地的政策而定的，希望对您有帮助！
首先你在建房时你要拿你的《国有土地使用证》到所在地的规划局申请并是在合法的红线内建房，并按照当时规划局所给的尺寸，平方数，层数等等去建设，在建好后请一间正规的测量公司帮你测量好房子的图纸，包括位置示意图，万位图，房屋平面图等，拿到所在地国土局，递件申请理该房屋的产权证，交契税3％（具体到房管局咨询。
