设施农用地已在国土局备案还视为非法占用地吗?

按规定应由县级国土部门办理设施农用地审批手续,你没有办理审批手续,当然是违法用地。你跟村里签订的土地租用合同并不代表你可以改变土地用途,这在国家对土地流转的政策里规定的十分清楚,土地流转不能改变土地用途。建议你跟国土部门沟通一下,了解一下政策,看看能不能接受处罚以后补办审批手续。具体可以参考国土资源部农业部关于完善设施农用地管理有关问题的通知